莫斯科工程物理學院成立于1942年，是俄羅斯最著名的技術大學之一，當時名為莫斯科彈藥機械研究所，于1943年1月1日才開始授課。在1953年時學校更名為莫斯科工程物理學院，1993年學校改名為莫斯科國立工程物理學院，自2003年以來改為莫斯科工程物理研究所（國立大學），2008年學校又被改為國立核能研究大學-莫斯科工程物理學院。